课程设置
中美融合课程课程由基石课程、荣誉课程、大学先修课程、大学水平的研究课程四个水平层次的课程组成。
基石课程包含了中国国家必修课程，涵盖了包括语文、数学、外语、物理、化学、生物、政治、历史、地理、计算机、艺术、体育、升学规划等科目。
万科梅沙书院提供英语课程外，还提供德语、西班牙语等多种语言的课程。
在此基础上，学校还设置了荣誉课程，为有能力的学生提供更具挑战性的课程。基石课程及荣誉课程将为美国大学先修AP课程打下扎实的基础。
AP 课程（Advanced Placement Program®）是由美国大学理事会（The College Board）授权，在高中阶段开设的具有大学水平的课程。在高中选修AP课程和通过AP考试不仅是对学生学业水平的认可，其优势还体现在以下两方面：a.申请大学时更有竞争力；b. AP考试成绩满足大学要求后可冲抵相应学分。
学校目前开设了25门AP课程，包括AP英语文学和写作、AP微积分、AP统计、AP物理、AP化学、AP生物、AP计算机、AP微观经济、AP宏观经济、AP心理学、AP 2D艺术、AP 3D艺术等。此外，学校还引进了AP Capstone顶石课程，为学生进行跨学科的学术研究提供平台。
在AP课程的基础上，学校开设了大学水准的研究课程，为学有余力的学生提供更广阔，更深入的学习机会。目前开设的课程比如：核化学分析导论，常微分方程导论，多变量分析导论，统计数据科学导论，天文学，探险文学，文学与音乐，亚洲文学等。
考试与竞赛
自2019年11月起，万科梅沙书院与美国大学考试委员会合作，成为深圳市首个ACT课程与考试中心。今后，万科梅沙书院学生在校内完成课程学习评估后，每年可在书院参加多达6次ACT考试，并享受ACT一系列官方政策支持。同SAT效力一样，学生可以使用ACT成绩申请北美所有高等院校。
在常规课程以外，学校也鼓励学生积极参与学科类的比赛和项目，包括美国数学建模竞赛、美国数学大联盟杯竞赛、澳大利亚数学竞赛、美国青年物理学家锦标赛、FRC机器人大赛、美国学术十项全能竞赛、全美经济学竞赛、国际基因工程机器大赛、国际历史竞赛、微软创新杯Big Idea Challenge挑战赛、美国生物奥林匹克竞赛、英国生物奥林匹克竞赛、国际语言学奥林匹克竞赛、跨学科项目研究、顶石课程研究及学术论文写作等。
文凭
万科梅沙书院还设置了“跨学科科学文凭”（STEAM Diploma）和“艺术文凭”( Artist Diploma) ，以培养学生在相关学科领域的学术兴趣及学术研究能力。